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En cuanto a invertebrados, existen varias citas de presencia de diferentes bivalvos en el ZEC. Se ha identificado en el río Irati y en el Erro la especie Unio elongatulus (F. Unionidae), y dentro del ZEC existen citas de Psilunio littoralis y Anodonta sp. (Ruiz Atalba, 2002). Además, en la parte sur del LIC existen citas de la presencia de la especie de odonato Gomphus graslini

Dentro del ZEC, la región salmonícola superior presenta una morfología y calidad del agua propicia para el desarrollo de importantes poblaciones de trucha (Salmo trutta fario). Aguas abajo, también están presentes especies ciprinícolas como la madrilla (Parachondrostoma miegii), el barbo de Graells (Barbus graellsii), el barbo culirroyo (Barbus haasi) y la lamprehuela. La locha o lobo de río (Barbatula quignardi) también esta presente.Por lo que a anfibios se refiere, destacan el tritón pirenaico (Euproctus asper), tritón palmeado (Triturus helveticus)y sapo partero común (Alytes obstetricans). También se encuentra presente la salamandra común (Salamandra salamandra). El galápago europeo (Emys orbicularis)es el reptil más destacable ligado al ámbito fluvial.

Respecto de las aves directamente asociadas a los ambientes fluviales, son muy destacables dos especies presentes e, incluso, relativamente abundantes: martín pescador (Alcedo atthis)y el mirlo acuático (Cinclus cinclus). Por otra parte, están presentes las dos especies de milanos, milano real (Milvus milvus)y milano negro (Milvus migrans).

Las especies de mamíferos más reseñables en el ámbito de estudio son la nutria (Lutra lutra), el desmándel pirineo (Galemys pyrenaicus)y el visón europeo (Mustela lutreola). Cabría destacar la presencia de varios refugios (cuevas y edificaciones) con colonias de murciélagos, concretamente de las especies RhinolophushipposiderosR. ferrumequinum y Miniopterus schreibersii.