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Los hábitats fluviales, que se caracterizan por la presencia permanente o esporádica de agua sobre la superficie o próxima a ella,  forman un mosaico anexo al río en base, principalmente, a su mayor  o menor requerimiento hídrico. Otros hábitats como hayedos, robledales del roble peloso, carrascales, etc., se incluyen en el ZEC en su borde exterior o también en tramos de río donde las orillas son más escarpadas y contactan directamente con el cauce.

En la Foz de Aspurz, se han incluido los roquedos y laderas de la misma.El río Salazar destaca por la presencia de una banda importante de vegetación de ribera en sus dos orillas a lo largo de prácticamente todo el ZEC, con ejemplos representativos de diferentes tipos de bosques y prebosques de ribera, como son las fresnedas pirenaicas, las avellanedas riparias, las choperas somontano-aragonesas y las saucedas arbustivas pirenaicas. Además, están presentes en el LIC numerosos hábitats característicos del ámbito fluvial como las comunidades acuáticas de Potamogeton nodosus, la vegetación helofítica, los complejos de vegetación de playas e islas de gravas y diferentes tipos de pastizales y herbazales hidrófilos y juncales flora.

El río Salazar presenta poblaciones de especies de flora de carácter nemoral. Aunque en el ZEC no se ha encontrado ninguna especie de flora amenazada, se encuentran presentes dos especies de interés para Navarra (Villar et al. 1995): Lathraea squamaria y Epipactis  palustris. Ambas están citadas en el término de Navascués (Lorda, 2001 y Balda, 2002), además de una cita de Epipactis palustres en la Foz de Arbaiun (Peralta et al. 1992). Asimismo, se ha detectado un ejemplar de Lathraea squamariaen Gallués/Galoze y se ha confirmado la presencia de Epipactis palustres en Navascués. Anemone ranunculoides, ha sido citada en Ezcároz/Ezkaroze en la ribera del río Salazar. Aunque no está catalogada, es una especie rara en las montañas pirenaicas y de transición, y muy rara en cuencas como la del río Salazar.