A fin de conservar la biodiversidad de la zona, las distintas administraciones han promovido medidas encaminadas a la conservación y fomento de los espacios, los hábitats y las especies: desde las declaraciones de espacios protegidos, los planes de ordenación de los recursos y los planes de recuperación de especies, hasta la Directiva 92/43CEE, relativa a la conservación de los hábitats naturales y de la fauna y flora silvestres, que plantea la creación de una Red Europea de Conservación (Red Natura 2000), donde se integren los diferentes espacios naturales, que alberguen las especies de fauna y flora más representativas y sus diferentes tipos de hábitats.

Cabe destacar que, entre los  seis Lugares de Importancia Comunitaria (LICs) declarados en Navarra, seis están ubicados  en el valle de Salazar y Almiradío de Navascués:  

• Sierra de Artxuga, Zarikieta y Montes de Areta
• Arabarko

 Algunos de ellos cuentan con su correspondiente Plan de Uso y Gestión, con lo que pasan a ser denominados como Zona Especial de Conservación (ZEC):

• Roncesvalles- Selva de Irati.
• Río Salazar.
• Sistema fluvial de los ríos Irati, Urrobi y Erro.
• Sierra de Illón y Foz de Burgui.

Dentro de la ZEC Roncesvalles-Selva de Irati se encuentran:

• Reservas Naturales de Mendilatz y Tristuibartea
• Reserva Integral de Lizardoia.

Y en Navascués se encuentra la Reserva Natural de la Foz de Benasa.